1）、水处理：浸泡使10\%的异黄酮流失于浸泡水中，且水处理后的大豆中游离型异黄酮增加，这是因为豆类自身存在的β-glucosidases酶水解葡萄糖苷的结果。
2）、加热：水煮加热增加了异黄酮向外渗透速率，使大量异黄酮因渗入加热水中而丢失，同时热处理还显著改变了豆制品中异黄酮种类的分布，因为热处理时β-glucosidases酶活性增强，使异黄酮葡萄糖苷水解为游离型异黄酮，因而制品中游离型异黄酮较原料大豆或大豆粉中的有所增加。
3）、凝固：在豆腐生产中，凝固使一部分异黄酮丢失于乳清中，丢失率为44\%。
4）、发酵：发酵不影响异黄酮的含量，但改变了异黄酮种类的分布，发酵后的产品以游离型异黄酮为主要存在形式，这是因为在发酵过程中，真菌产生的大量β-glucosidases水解酶使异黄酮葡萄糖苷大量水解，从而导致游离型的异黄酮显著增加。
5）、加工提取方法：提取方法对大豆浓缩蛋白和大豆分离蛋白中异黄酮含量的影响非常大。如用湿热水洗法去除可溶性碳水化合物所得浓缩蛋白的异黄酮含量与原料豆中的相近，而用60\%-65\%的酒精水溶液洗涤浓缩法提取的大豆浓缩蛋白的异黄酮仅为原料中的1/10。
