安徽省卫生厅厅于3月31日接到阜阳市报告后，立即派出有关临床、流行病学和实验室检验等方面的专家组赶赴阜阳市，指导开展流行病学调查、临床救治和实验室检测工作，并及时将有关情况上报卫生部，卫生部立即派出专家组到阜阳市进行驻点调查指导。
经国家、省、市联合专家组组织进行多次认真讨论，根据病例的流行病学特征、临床表现和实验室检测结果，4月23日，阜阳市不明原因疾病被正式确定为手足口病(EV71感染)。
疫情发生后，阜阳市委市政府迅速报告，全力组织各项疫情控制和医疗救治工作，广泛和社会沟通，提出了健康警示，开展了多种形式的健康教育，维护了社会的稳定。
截至2008年4月28日，阜阳市共报告手足口病(EV71感染)病例1520例，其中痊愈585例，经全力抢救无效死亡20例，仍在住院治疗的有412例，其中重症患者26例。阜阳市手足口病疫情发生后，各级党委和政府高度重视。国务院领导同志、省委书记王金山、省长王三运等做了重要批示，省委省政府召开了专题会议研究部署防治工作。卫生部长陈竺专程赶赴阜阳，看望住院患儿，慰问医务人员，并对防控工作提出了要求。省政府办公厅发出紧急通知，要求全省各地做好手足口病的防控和医疗救治工作；省财政安排了1000万元专款用于购置救治设备；按照国务院领导和省委、省政府的指示要求，在卫生部的指导下，安徽省卫生厅厅全力支持阜阳市做好疫情的各项防治工作：
一是及时启动了卫生应急机制，派出工作组、专家组驻点阜阳市指导防治工作；二是积极组织救治患儿，努力挽救每一个重症患儿的生命；三是全力查找病因，通过深入细致的流行病学调查，标本采集检测，并首次分离出一株肠道病毒71型病毒株，查明了该病的病因；四是积极开展全省面上防控工作，组织编写了手足口病的预防控制、临床救治和健康教育方案，使防治工作走向有序化；五是组织开展手足口病筛查、诊断、治疗专业人员培训，提高各地的诊断治疗能力；六是组织编写了相关健康教育材料，开展了面向每一个儿童的健康教育。
省卫生厅向全省发出了通知，要求各地医疗及疾病预防控制机构要加强对类似病例的监测，全力做好预防和治疗工作。做到早发现、早报告、早诊断、早治疗。
在省委、省政府的重视领导和卫生部的积极指导下，阜阳市此次疫情的病因已经查明，发病患儿得到及时规范治疗，住院病人治愈率不断提高，防控措施正在全面落实，群众的自我防范意识不断提高，防治工作取得了阶段性初步成效。目前，国家、省专家组仍在阜阳驻点指导，相关防治措施正在进一步落实之中。
虽然手足口病在我国不是法定报告传染病，在我省也较少发生，但是手足口病是全球性传染病，世界大部分地区均有流行报导。据资料介绍，今年1月～4月20日，全国报告病例数较上年同期上升了218.99%，而手足口病的发病高峰期在5-7月，目前我省已经开始的疫情可能仅仅是一个开始，不能排除出现一个新的发病高峰，也不能排除疫情在其他地方发生，对此我们必须高度警惕、严阵以待。由于该病传染性强，传播途径比较复杂，对婴幼儿的健康和社会影响较大，因此必须引起我们的高度重视，立足于防大疫、抗大疫、战大疫，采取有力措施，做好各项防范工作。
从国内外的资料和我们的防控实践来看，手足口病(EV71感染)还是可防可控的。我们要在省委、省政府的坚强领导下，坚持以人为本，把患者的健康和生命放在突出的位置上，按照卫生部指导意见和相关技术方案，周密安排，严密防控，努力降低发病率，提高治愈率，降低病死率，把疫情控制在最小范围，把社会震荡降低到最小限度，切实维护人民群众的健康和社会的稳定。
下一步我们将重点做好这几项工作：一是继续做好阜阳市手足口病的防治工作，安徽省卫生厅将会同阜阳市委、市政府，落实省委省政府要求，积极救治患病儿童，强化实施防控措施，国家和省卫生厅专家组继续驻点阜阳市参与、指导开展工作。组织当地群众大力开展爱国卫生运动，清理环境垃圾，倡导良好卫生习惯，防止病从口入，有针对性地加强健康教育。要求群众“洗净手、喝开水、吃熟食、勤通风、晒衣被”。
二是加强全省面上特别是皖北片的防治工作。对手足口病的监测实行网报和日报，提高疾控机构实验室检验技术水平，全面加强对检测人员和医务人员的针对性培训，提高各级医疗卫生机构手足口病的防治能力，为应对疫情的发展做好人力、技术和物质的储备。
三是与教育部门联合针对托幼教育机构和中小学、散居儿童家庭等重点场所、重点人群开展宣传教育，并在皖北地区各托幼机构延长“五一”假期，预防和阻断手足口病的流行；积极与宣传部门配合，动员引导媒体广泛开展防治知识宣传，提高群众的健康意识和自我保健水平。
