据介绍，灾区防疫工作目前已经做到乡村全覆盖，保证只要有灾民的地方就有防疫工作。
少数道路不通的山村，也已通过直升机空降的方式安排了防疫人员长期驻扎指导工作。
毛群安说，地震初期，人们一般担心遇难者的遗体和动物尸体会成为传染疾病的危险因素，但就目前情况来看，现在灾区最容易引发传染病的是生活垃圾和粪便。灾区群众安置点人数多、密度大，现在正值炎热天气，帐篷温度高，防疫工作重要而艰巨。卫生防疫部门已经向群众发放了宣传资料上千万册，提醒灾民注意饮水和食品安全，正确处理生活垃圾和粪便，养成健康的生活习惯，严防大范围传染病的发生。
目前，卫生防疫部门除了进行常规防疫外，重点保障食品和饮用水安全，对灾民集中供水、供餐，还对易感染人群，如儿童，接种疫苗。对灾区发生的零星传染病病例实行“日报告”和“零报告”(即每天上报数据，没有病例则上报“零”)制度，严格监测和监控灾区可能发生的疫情。
