5月20日，在四川北川羌族自治县，武警官兵和警察在通往北川县城的道路上设置警戒点，所有人员均不得进入县城
5月21日，北川县城天气依然不好。
能够转移出去的灾区居民已经全部转移，多日来持续在县城展开的全面救援工作在天气和余震的威胁下，已经于5月20日告一段落。
指挥部发布通知说，20日至22日期间，北川地区有中到大雨，降雨天气将对四川地震灾区的救灾工作造成不利影响，自20日下午1点半起，北川县城救援被迫停止。 所有救援人员和难民都将转移到安全地带。
此后不久，武警官兵和警察在通往北川县城的道路上设置警戒点，所有人员均不得进入县城。
只准防疫人员进入
21日上午，在进入北川现场的公路旁，执勤人员设立了两道封锁线，所有进入县城救援现场的人都必须携带专门的通行证，即便是参与救援的解放军也不例外。
能够获准进入现场的是来自卫生系统的专业防疫人员，他们身穿防护服携带药具进入现场，等到工作完毕后，他们的防化服被收集起来统一处理，有消息说，采取的是焚化方式。
更多的救援人员仍然等在安全地带，他们没有被获准进入现场。指挥部的消息说，预计全面救援将要停止一到两天。
在现场的解放军452医院的医生说，指挥部通报救援暂停的原因是余震和堰塞湖的影响。
之前有消息说，汶川灾区有可能出现6-7级余震，有可能对救援工作造成重大影响；而持续恶化的天气则成为这次封城最核心的原因——根据天气预报，在未来的三天内北川将会有一个降雨过程，预计将是中到大雨的级别，这使得悬在北川上方的堰塞湖有可能随时对县城产生威胁。
20日下午开始的封城最初的起因也是这场注定来到的雨。当天中午，监测人员发现，靠近北川县城的一处山体出现渗水状况——加上余震的预测，指挥部做出全面暂停救援的决定。而从这天下午3点开始，雨点开始密集，晚上6点之后开始的瓢泼大雨一直持续到21日凌晨。
多位专业救援人员说，已经被彻底摧垮的北川县城极易在大雨冲刷下形成新的泥石流和山体滑坡，因而救援工作必须停止。同时，下雨还对北川上游的堰塞湖带来不利影响，如果持续下雨，堰塞湖水位将不断上涨，威胁下游安全。
21日上午，有消息说北川上方堰塞湖的水位已经上涨了40米。而从18日到20日，载着水利部专家的直升机，开始不断加入对北川垮塌山体和附近堰塞湖的检测工作，指挥部说，各路专家正在严密监控险情。
国土资源部航空物探遥感监测显示，在北川县共解译出崩塌滑坡６８处，其中较大的３０处。目前堵塞主干公路的滑坡有２１处。滑入江水的滑坡２０处。
四川省水利厅副厅长朱兵21日下午接受本报采访时说，20日已派飞机让水利专家实地测量了湖的容量，“根据我们的监测，北川唐家山湖暂时不会发生决堤的情况，还比较稳定。估计近日来的连续降水使得堰塞湖的水位上涨比较快，我们准备了应急预案和抢险措施。”
他说，北川的救援队伍紧急撤离北川也是出于安全的考虑，也是正常的。
救援窗口关闭
与此同时，不断加大的疫情威胁也使得北川封城成为一个必然选择。由于地震造成大量居民丧生，很多居民的遗体被埋在废墟下。最新的事实是，目前北川县城地面上的遗体已经基本清理完毕，但是深埋在废墟中的遗体难以很快清理完。
452医院的医生说，随着时间的推移，遗体已经高度腐烂，因此防止疫情的发生显得非常迫切。而且天气正在加速尸体腐烂的过程——地震之后北川下了一场暴雨，之后几天则是晴朗天气，而从20日开始并预计还将持续数天的大雨，则使得亡灵的遗体处理难度加大。
很多遗体就在一堆堆的石头之下，几乎没有办法挖出。医生们说，现在弥漫在北川县城上空的臭味越来越大，单层口罩已经不起作用，急需有专业设备的防疫人员对此进行高强度消毒。此前记者在现场看到，已经有多批敌敌畏等药品被放置于救援现场，等待使用。
参与救援的解放军说，指挥部已经调集了一个防化团开进县城进行消毒。
因而，在21日上午，虽然北川封城出现部分松动，但能够进入现场的只能是防疫人员，而且须持有专门的通行证件。除此之外，无关人员一律不许进入。
卫生部救灾防病应急队专家白雪涛说，应急队于19日左右向北川抗震指挥部建议，加强县城的防疫工作，禁止无关人员进入。“人员太杂，给防疫带来了困难。”白雪涛说，目前县城已经没有本地居民，所以防疫的主要对象是流动的救援人员。
据称，在前线指挥部的统一调度下，有将近8500多名医护人员到达了一线支援灾区的医疗卫生，并且有将近600多名的防疫人员进入了县乡一级进行卫生防疫工作。但是由于道路没有完全畅通，北川有20个乡镇，到目前为止进去了7个乡镇，还有13个乡镇医护人员还没有进入。
但在北川县城，救援的时间窗口就这样被多重不利因素强行关闭。
指挥部消息说，从20日开始，北川全面救援工作重点从搜索县城转向搜索乡村。目前北川所有乡村都有救援人员进入，当下的工作重点是防疫和伤病员的转移工作，在这些乡村中，已经有大量灾区居民通过徒步方式自行脱困，进入绵阳救助点。而被堰塞湖围困的漩坪乡，直升飞机和海军陆战队某部都已经加入救援。
这或将意味着，北川县城的大规模救援可能告一段落。多位救援人员说，他们已经尽最大力量对县城展开搜救，但“时间窗口确实正在关闭”，疫情和天气带来的不利影响使大规模救援的可能性和可行性都大幅降低。
21日上午，北川县城又进行了一次全面的拉网式排查。防疫队员、消毒队员和解放军武警战士进入了现场。消息说，这可能是最后一次全面搜索。
